Bionano 建库测序服务-诺禾致源-光学图谱辅助基因组组装测序

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Bionano建库测序

Bionano建库测序—捕获物理图谱数据，还原单分子结构

Bionano 基于 Nanochannel array 技术可以高通量地对通过 Nanochannel 的被荧光标记的 DNA 分子自动拍照成像，完整的还原单分子结构。该技术不需要将 DNA 分子打断成短片段，也不进行扩增，因而具有较长的读长，最长读长可达 Mb 级别，其能够真实地展示基因组信息。该技术对于获取高复杂区域重复序列信息、检测基因组结构变异有着无与伦比的优势，是当前基因组研究的有力武器。

应用方向

Saphyr 系统以100kbp-Mbp级别读长可实现超高灵敏度的结构变异检测分析和复杂基因组de novo组装。在结构变异检测领域目前广泛应用于肿瘤、白血病、遗传病、罕见病等疾病的研究。

诺禾优势

1.高通量
诺禾致源拥有最新的Saphyr DC平台及Saphyr chip，单张芯片最高可产出3.9T的数据。
2.周期短
得益于新平台及芯片的高通量，平均每12h可以完成3个人类样本的检测（100×），带给您卓越的周期体验。
3.更超长
崭新的DLS标记技术无需对双链DNA进行切割标记，避免了任何可能的物理损伤，竭尽全力保证分子长度，发挥平台优势。

信息分析

涉及产品	分析内容	解决问题
建库测序	测序数据质量评估	过滤掉低质量数据，保证数据质量
Bionano辅助组装	测序数据质量评估	过滤掉低质量数据，保证数据质量
Bionano辅助组装	辅助挂载	提高scaffold，提升组装质量和完整性
Bionano变异检测	测序数据质量评估	过滤掉低质量数据，保证数据质量
	变异检测	寻找平衡易位和倒位
	变异位点注释	仅针对人类样本

送样建议

样本类型	样本总量（单次建库）	备注
血液	650ul-1ml全血	Bionano提取需要1.5*106个白细胞作为提取的起始量。
细胞	1.5x10^6个细胞	细胞培养物冷冻前
动物组织	30-50mg	按10mg为单位分装
植物组织	0.5g	优先提供萌发幼苗

常见问题

1. Bionano 对样本要求有哪些？
- Bionano光学图谱系统基于单分子光学图谱技术，通过其特有的芯片技术使完整的单一 DNA 分子可以在纳米通道中平行排列，拍照成像，展示更完整的基因图谱。Bionano 技术对于 DNA 分子长度要求在150 kb以上，样本的状态对 Bionano 平台 DNA 的提取至关重要。
  动物方向：血液>脾脏、肝脏、肾脏、脑组织>肌肉组织
  植物方向：萌发幼苗>幼嫩植株>幼嫩组织
  DNA 分子运输中会加速损失，需要进行胶块包埋运输。
  组织送样需要提前告知样本类型，如：多糖多酚植物等，及时联系工作人员。

2. 如何评估 Bionano 数据质量？
- 标记密度（Label Density）：一般 NRLS 为8~15 Labels/100 kb，DLS 为 10~25 Labels/100 kb；
  分子量 N50：评估总体分子的长度；要求不低于200 kb；
  假阳性（FP）：平均假阳性标记位点比例（参考范围< 15%），需要参考基因组进行分析；假阴性（FN）：平均假阴性标记位点比例（参考范围< 21%），需要参考基因组进行分析。

3. Bionano 中 NLRS 与 DLS 区别有哪些？
- Bionano 拥有两种标记化学试剂，一种是最新的直接标记和染色的方法（DLS 标记方法），另一种是较早的基于切口酶的标记，即切割、标记、修复和染色的方法（NLRS 标记方法）。
  DLS 标记方法
  
  NLRS标记方法

4. Bionano 是否可以混样？
- 否，由于技术原理所限制，是没有办法进行混样测序。混样测序会造成数据拆分错误问题。

拓展材料

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