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Visium空间转录组—基因表达与形态学内容相结合
- 空间转录组测序可以提供研究对象的转录组等数据信息，同时还能定位其在组织中的空间位置，将转录组 信息与空间位置信息相结合，为检测组织中的细胞空间组成与基因表达提供了强有力的手段。
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高分辨率：
10x Visium 空间转录组产品以前所未有的分辨率来展示组织不同位置细胞中的基因活跃信息，将空间位置信息 和转录组分析相结合，有着令人期待的应用前景。 -
高效产出：
该产品优势体现在样本准备简单，技术周期短，分辨率高，灵敏度高和无偏检测基因表达。
应用方向
肿瘤学研究
研究肿瘤微环境、肿瘤异质性、病程进展、病症形态、肿瘤浸润淋巴细胞。免疫学研究
研究免疫细胞浸润、免疫细胞中的基因表达特征、免疫群体的扩散。发育生物学研究
研究免疫细胞浸润、免疫细胞中的基因表达特征、免疫群体的扩散。神经科学研究
绘制大脑的各个细胞层，区分正常与患病的大脑解剖特征。病理学研究
通过添加基因表达维度得出形态学结论，通过基因表达了解可能发生假阴性/假阳性的位置。
诺禾优势
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1. 专业服务平台
诺禾空间转录组拥有完善的技术平台，专业的服务团队，丰富的项目经验，精湛的切片技术，极致的服务周期以及提供一 站式解决方案。采用Illumina NovaSeq6000平台测序，项目周期30个自然日，高效精准，实现稳定的测序数据分析及交付。 -
2. 科学方案设计
从样本冷冻包埋，样本的预处理，建库测序，到数据分析，每一环节都经过科学、缜密的 设计，以保障高质量数据产出。
信息分析
获得原始测序序列(Sequenced Reads)后，通过如下流程进行标准生物信息分析：
关联分析
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1. 10x Visium空间转录组+10x Genomics单细胞3'转录组产品
诺禾空间转录组拥有完善的技术平台，专业的服务团队，丰富的项目经验，精湛的切片技术，极致的服务周期以及提供一站式解决方案。采用Illumina NovaSeq6000平台测序，项目周期30个自然日，高效精准，实现稳定的测序数据分析及交付。 -
2. 10x Visium空间转录组结合其他产品
结合基因组、转录组、蛋白组等多组学产品，包括scATAC-seq、Bulk RNA-seq、原位测序等技术，将不同层面之间的信息进行整合，多维度数据为研究提供新的思路。
送样建议
| 组织类型 | 送样建议 |
|---|---|
| 新鲜冷冻组织 | 方案A：组织块先冷冻后包埋 |
| 方案B：组织块冷冻和包埋同时进行 | |
| 石蜡组织 | 寄送石蜡包埋块 |
| 全血 | >1 mL |
常见问题
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1. 为什么选空间转录组测序技术，它能为我们带来什么样的结果？
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在生物学中，“空间”这个概念具有非常重要的意义，因为它可以让我们用来描述生物网络的相互作用，生物网络中每个细胞都受到其周围环境的影响，例如：
（1）想了解多细胞生物中某类细胞的功能特性，只有结合它们的空间位置信息，才能更好的诠释该类细胞在特定环境下的生物学功能。原因是每个细胞都不是孤立的，处于不同的微环境中，基因表达模式会有不同，行使的功能也会出现差异。
（2）众所周知，在胚胎发育时期，细胞处于胚胎中的位置不同，有着不同的发育命运，从而形成特定的器官。
（3）肿瘤的发生，生长，转移及演化与肿瘤所处的微环境有着密切的关系，肿瘤细胞，肿瘤相关的基质细胞（stromal cell）及周围的血管，组织免疫细胞等共同形成了“肿瘤微环境”，肿瘤与环境之间既可以相互促进又可以相互拮抗，因此利用空间转录组对肿瘤微环境的研究对于认识肿瘤的发生，发展，转移和治疗有着重要的意义。 空间转录组的优势还体现在无偏基因检测层面，即样本在维持原有形态的前提下进行基因表达检测，在神经科学领域方面有着明显的优势和效果产出。
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在生物学中，“空间”这个概念具有非常重要的意义，因为它可以让我们用来描述生物网络的相互作用，生物网络中每个细胞都受到其周围环境的影响，例如：
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2. 空间转录组的输出结果类似于一个组织有序的地图，围绕着感兴趣的地方进行深层次的数据挖掘，弥补之前位置缺失的情况下，我们对事物本质的认知。10x Visium 空间转录组产品可以做的样本类型？
- 目前 10x 官方测试的石蜡样本类型包含人、小鼠各器官（待优化的组织类型有：脂肪组织、扁桃体组织和皮肤组织）；新鲜冷冻样本类型包含人、小鼠和大鼠各器官（待优化的组织类型有：骨髓组织、健康小鼠的皮肤和胰腺组织）；其它物种样本，尤其是哺乳类动物样本，可进行尝试，但会有些风险。建议先收集样本，进行组织冷冻包埋和质检，和组织透化，组织透化合格的样本成功率更高一些。
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3. 对于人、鼠较为特殊的组织样本，比如胚胎、眼或较为柔软纤薄的组织，预处理时会有一定的难度，难点在于哪里？应该如何操作？
- 难点在于冷冻包埋时要保持其原本的形态结构，以及调整到合适的位置以保证切片时切到您感兴趣的研究面，建议先拿组织进行一些冷冻包埋和切片的预实验，多练习和尝试。
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4. 新鲜样本收集与预处理的方法及注意事项？
- 应尽量收集新鲜的组织样本，避免室温长时间放置，避免污染。如果是临床样本，建议尽量将组织放在干净的离心管或者密封袋中，然后埋入冰中，短暂保存和运输。
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5. 组织尺寸标准，及尺寸不符的处理办法？
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样本截面大小应不超过6.5 mm × 6.5 mm。
稍大的组织样本，比如长条状的，长度在1 cm左右，可在组织切片通过组织划分的方法获得合适大小的切片。
如果是过大的样本，建议在速冻前先进行组织分割成多个小块，样本过大可能会导致组织冷冻不均匀，破坏组织结构。
如果样本很小，可在冷冻包埋时将多个样本同时包埋。
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样本截面大小应不超过6.5 mm × 6.5 mm。
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6. 组织的冷冻和包埋的方法？
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根据组织冻存和包埋的顺序，可选用两种方式：
（1）先冷冻后包埋
新鲜的组织需要进行速冻（异戊烷液氮浴）以避免 RNA 降解和冰晶的形成。组织速冻后，需要在干冰上进行 OCT 包埋，OCT 作用是维持组织形态结构，在切片时提供结构支撑。
（2）冷冻和包埋同时进行
有些组织（比如胚胎等）非常柔软，失去液体的支撑就会改变其正常形态，对于这样的组织可采取冷冻和包埋同时进行（异戊烷液氮浴）的方法。
具体方法步骤可参见微信文案https://mp.weixin.qq.com/s/3pMshpxCeyqDzj--_KaPUQ冷冻包埋方法不仅仅局限于文档中的方法，如果客户用自己的方法速冻包埋后质检合格即可用于空间转录组实验。
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根据组织冻存和包埋的顺序，可选用两种方式：
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7. 样本质检的内容及方法？
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组织需要进行质检，然后才能进行正式的空间转录组实验，质检合格的样本进行后续空间测序成功率会高很多，质检的内容主要包括：
（1）组织形态学检测：
冰冻切片或石蜡切片，做普通 H&E 染色即可。主要看样本是否符合客户研究目的，其次观察组织形态上是否完整，比如是否有大的裂痕、冰晶形成而产生的空泡、褶皱等。
（2）RNA 完整性检测：
冰冻切片提取 RNA，跑2100检测 RIN 值，理想情况下 RNA RIN 值应大于7；石蜡切片因RNA完整性被破坏，提取RNA测DV200，RNA DV200应大于等于50%。对于未达标的样本，理论上不推荐进行空间转录组测试。
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组织需要进行质检，然后才能进行正式的空间转录组实验，质检合格的样本进行后续空间测序成功率会高很多，质检的内容主要包括：
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