- 客户服务系统CSS
- |
- |
-
-
基因组测序>
-
建库测序>
-
人类基因组测序>
-
动植物基因组测序>
-
微生物基因组测序>
-
-
转录调控测序>
-
表观组测序>
-
单细胞测序>
-
空间转录组>
-
基因分型>
-
质谱分析>
-
蛋白组学分析>
-
代谢组学分析>
-
免疫定量>
-
-
多组学联合分析>
CUT&Tag—DNA-蛋白质相互作用研究技术
- CUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法。该技术使用磁珠吸附活细胞，利用digitonin增加细胞膜通透性。靶蛋白特异性抗体（一抗）进入细胞与靶蛋白结合，二抗孵育放大信号，pA/G-Tn5融合蛋白与一抗和二抗结合，把转座体间接的固定在靶蛋白上。Mg2+激活Tn5酶，切割靶标区域。由于Tn5连有测序接头，在打断的同时直接在片段化的 DNA 两端添加接头，最终通过PCR扩增获得完整的文库。
-
热点技术：
相比传统ChIP-seq技术，CUT&Tag是全方位的升级，如起始量、信噪比、样本重复性等。 -
起始量低：
相比传统ChIP-seq技术，极大地减少样本使用量。 -
信噪比高：
实验材料无需进行甲醛交联，产出数据信噪比高。
应用方向
1. 应用于蛋白质与DNA互作研究2. 检测组蛋白修饰在基因组上分布位点
3. 鉴定转录因子在全基因组上的结合位点
4. 超级增强子鉴定
诺禾优势
1. 性价比较高
较少的测序数据即可获得丰富的数据。-
2. 实验重复性好
样本不受甲醛交联引起的表位遮蔽影响。 3. 样本起始量低
所需细胞量较少，最低可做至1000个细胞。-
4. 专业严谨，保证高质量数据产
诺禾致源从样本处理，抗体富集，Tn5酶切割，DNA纯化，建库测序， 到数据分析，每一环节都经过优化和数据验证，保障高质量数据产出。寄送样本和一抗
样本检测
实验建库
上机测序
数据分析
信息分析
诺禾致源CUT&Tag测序项目，通过对获得的高质量reads，进行Peak calling及motif分析，高效预测相关基因， 进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能，组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。| 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|
| 测序数据质量评估 | 过滤低质量数据，保证数据质量 |
| 与参考基因组比对 | reads分布及比对结果可视化 |
| Peak calling | 分析蛋白结合位点 |
| motif分析 | 蛋白结合序列的偏好性 |
| peak峰相关基因注释 | 寻找蛋白潜在调控基因 |
| 差异peak分析 | 分析不同样本间差异peak峰 |
| 相关基因功能分析 | 相关基因GO，KEGG富集分析 |
关联分析
| CUT&Tag与RNA-seq关联分析 | 1. 整体层面的关联 |
|---|---|
1.1 整体信号分布展示 | |
1.2 不同表达⽔平基因的CUT&Tag 信号分布展示 | |
1.3 所有基因的CUT&Tag 信号热图 | |
1.4 所有基因启动子区域CUT&Tag信号与基因表达量关联密度散点图 |
|
| 2.差异表达基因对应表观信号分布 | |
2.1 差异表达基因的CUT&Tag 信号 | |
2.2 差异表达基因的RNA-seq和CUT&Tag 信号热图 | |
2.3 差异表达基因上的CUT&Tag 信号累计分布图 |
|
| 3.差异峰区域相关的基因表达变化情况 | |
3.1 CUT&Tag 信号变化与表达变化的热图 | |
3.2 差异峰相关基因的FPKM累计分布图 | |
| 4. 差异峰区域与差异表达基因的关联 | |
| 4.1 CUT&Tag 和RNA-seq的四象限图 | |
| 4.2 差异峰基因和差异表达基因的韦恩图 | |
| 4.3 GO富集分析 | |
| 4.4 KEGG富集分析 |
送样建议
| 高等哺乳动物的冻存细胞 | 高等哺乳动物的冻存组织 |
|---|---|
| >40万，建议复苏后活性>80% | >40mg |
-
一抗建议：
请选择ChIP级别的一抗，提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书，以方便后续项目进行。具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。
常见问题
-
1.CUT&Tag接收样本的物种有什么要求?
CUT&Tag目前可接收动/植物等真核样本，冻存/新鲜状态均可，具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。
-
2.客户有动物组织，建议消化成原代细胞送样还是将组织冻存送样？
建议寄送冻存组织。CUT&Tag对细胞的活性要求较高，原代细胞通常活性偏低，冻存复苏后的细胞活性很难达到送样要求，建议将新鲜组织清理冻存，及时送样。
-
3.CUT&Tag和ChIP-seq有什么区别？
从建库流程角度，CUT&Tag要求的细胞起始量远低于ChIP-seq，不需要对样本进行甲醛交联， 使用beads吸附活细胞的状态下先进行一抗孵育，后使用Tn5转座酶切割片段并添加接头，且无需后续的解交联步骤。即样本起始量、 样本状态、抗体孵育、核酸片段化等步骤原理和ChIP-seq均不相同。从结果上看，CUT&Tag的数据信噪比更好，可重复性更好。
-
4.抗体应该如何选择？
CUT&Tag的数据产出主要取决于样本量、一抗特异性和一抗的靶点丰度。一抗需要客户提供商品化的ChIP级别的一抗原液， 项目结束后可寄还剩余一抗。如需公司提供二抗，则限定鼠/兔源的一抗，如无需使用公司二抗，则需要老师提供二抗。
更多内容，可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。
售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585，或发送邮件至 service@novogene.com
Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有：北京诺禾致源科技股份有限公司 京ICP备15007085号-1
