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表观组测序

DM-seq(Directed DNA Methylation sequencing)

  • DM-seq (Directed DNA Methylation sequencing) 是Novogene推出的新一代定向DNA甲基化测序解决方案,包含TAPS+、5-base两种技术。旨在解决传统方法在DNA损伤、文库复杂度及多组学整合方面的核心痛点。本方案采用“直接检测”的路线,将基因组上的甲基化修饰的胞嘧啶(C)信息直接转化为胸腺嘧啶(T)信息进行读取,这种仅针对修饰碱基(约占全部C的5%)进行转化的机制,从根本上保留了基因组的原始序列复杂性,使得DM-seq能够在单次实验中,从同一份DNA文库中同时解析出全基因组范围的DNA甲基化/羟甲基化图谱和基因组变异信息(SNV/Indel/SV/CNV),实现了真正的“一次测序,双组学产出”。

诺禾优势

  • 准确性与灵敏度高:DM-seq转化率高于96%,得益于直接检测机制避免了序列简并,其比对准确度与比对率相较传统间接方法有显著提升。
  • 低样本投入,疑难样本兼容:建库投入量仅需10 ng,突破常量建库门槛,轻松应对微量样本挑战;兼容FFPE组织、cfDNA等珍贵、降解或难处理的样本类型,极大地拓宽了研究的样本来源边界。
  • 效率与价值兼优:无需再分别进行“WGBS+WGS”或“EM-seq+WGS”的两轮实验、建库和测序。DM-seq单次实验即可同步获得甲基化与变异数据,节省综合成本,并大幅缩短项目周期。

技术流程

  • gDNA/cfDNA提取与质检—酶转化—DNA建库—高通量测序—双组学生信分析

分析内容

  • 模块一:数据质控与基因组比对
    原始测序数据质控
    参考基因组比对与统计
    C位点覆盖度统计

  • 模块二:甲基化位点分析
    甲基化位点提取
    C位点甲基化水平分析
    单样本甲基化分析
    基因功能区域甲基化水平分析
    样本间相关性分析、主成分分析(PCA)、共表达韦恩图
    差异甲基化区域(DMR)分析
    DMR富集分析

  • 模块三:变异分析
    SNP检测与注释
    InDel检测与注释
    SV检测与注释
    CNV检测与注释
    变异检测结果可视化

应用方向

  • 全基因组甲基化产品应用方向:精准分类,赋能全场景科研与转化

    一、农口科研与育种方向:
    1、作物高产优质性状解析
    2、畜禽抗逆与品种改良
    3、园艺植物性状调控研究
    4、农业生态抗逆研究
    二、医口疾病与医药研发方向:
    1、疾病分子机制深度挖掘
    2、肿瘤精准诊疗全流程支撑
    3、罕见病与遗传病病因探索
    4、复杂疾病与多组学的关联
    三、工业与基础科研方向:
    1、基础与发育生物学
    2、环境与生态研究

送样建议

样本类型 送样要求
基因组DNA 总量≥20ng ,浓度≥2 ng/μL
FFPE DNA 总量≥20ng ,浓度≥2 ng/μL
cfDNA 总量≥20ng ,浓度≥0.5 ng/μL
动物组织 ≥100mg 结缔组织、脂肪组织、腺体等难以提取组织建议组织量为黄豆粒大小
植物组织 ≥200mg
石蜡切片 5um厚度切片,>10张,切片中含组织面积>25 mm^2
细胞 >5× 10^5个
全血(用于提取gDNA) ≥1 mL
血清 ≥3 mL
血浆 ≥3 mL

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