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数据质控
测序得到的原始测序序列（Sequenced Reads）或者raw reads，里面含有带接头的、低质量的reads，为了保证信息分析质量，必须对raw reads过滤，得到clean reads，后续分析都基于clean reads。在测序过程中会存在一定的错误率，测序错误率分布检查可以反映测序数据的质量。
转录本长度分布统计
用主流拼接软件将测序序列拼接成转录本，取每条基因中最长的转录本作为unigene，以此作为参考序列用于后续分析。对拼接后的转录本长度进行统计，可据此评判拼接效果。
基因表达水平分析
以unigene为参考序列，将每个样品的clean reads与参考序列进行比对。进一步得到每个样品比对到每个基因上的readcount值，并对其进行FPKM转换以衡量基因的表达水平。
差异基因筛选
火山图可以直观展现q value与log2（fold change）的关系。当样品无生物学重复时，差异基因数目会偏多，为了控制假阳性率，需q value结合fold change来筛选。
差异基因表达水平聚类分析
差异基因聚类分析用于判断不同实验条件下基因的表达模式。每个比较组合都会得到一个差异基因集，将所有比较组合的差异基因集的并集在每个实验组/样品中的FPKM值，用于聚类分析。
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